一般說來，行政管理機構設置的程序主要有如下幾個基本環節：（一）提出行政管理機構設置的理由，并設計出初步方案行政管理機構的設立、變更、撤銷和合并不是任意的，而是有其客觀原因的，或者是由于行政環境的變化而導致行政管理機構的變更，或者是由于行政管理體制的改革而導致行政管理機構的變革，或者兩者兼而有之。不管是出于何種理由，行政管理機構的設置總是有原因的；要設置行政管理機構，政府或政府的機構編制部門必須就此提出充分的理由。然后，在調查研究和廣泛征求意見的基礎上，就行政管理機構的設立或者變更、撤銷或者合并提出具體的方案。（二）對行政管理機構設置方案的評估和論證行政管理機構的設立、變更、撤銷和合并是一件非常復雜的事情，既要考慮行政管理本身的需要，還要考慮現有機構的慣性；既要考慮機構對環境的適應性，又要考慮機構自身的運轉協調；既要考慮機構設置的合理性，又要考慮機構設置的合法性。還涉及不同部門之間的權力劃分、職能定位、人財物的分配，甚至還關系到官員的升遷和人員的安排，等等。因此，對于政府或政府機構編制部門提出的行政管理機構設置方案必須組織專家與相關人員進行充分評估和論證，在充分聽取各方意見之后，還要進行必要的修改，甚至有時還得推倒重來。重新制訂新的方案后仍然需要論證，直至其科學性和合理性得到絕大多數評估與論證者肯定后，方可提交給相關立法機構或上級行政機構予以批準。（三）對行政管理機構設置方案的批準行政管理機構的設置方案提出并經評估、論證后，還必須提交有批準權的機關予以批準，這是一個必不可少的程序。一般說來，批準機關有立法機關和上級行政機關。中央政府主要職能機構的設置，必須由全國性的立法機關予以討論通過；中央政府內設的辦事機構及一些輔助性機構由中央政府批準即可；同樣，地方政府的職能機構的設置一般也要由相應的地方立法機關討論通過；地方政府的辦事機構的設置一般由同級政府批準即可，但要向上級政府備案。（四）對行政管理機構設置方案的落實與實施在行政管理機構設置方案經立法機關通過或經上級政府批準后，就需要對方案進行組織實施。組織實施的過程是一個非常復雜的過程，關鍵是人、財、物的組合。這里既有官員的選拔、升遷，也有一般工作人員的安排。特別是當機構撤銷或合并時，多余人員的安排往往是一個非常大的難題。行政管理機構設置方案的實施，由中央政府和地方政府負責。中央行政管理機構的設置，由中央政府負責落實；地方政府行政管理機構設置方案的實施，由相應的地方政府負責落實。但中央政府有責任領導和監督地方政府實施其行政管理機構設置方案的實施工作。