科舉制對中國文化的負面影響主要有兩點：
第一，科舉考試耗費了士人幾乎全部的精力，讀書做官成為知識階層的更終目標，造成傳統文化畸形發展。在王權政治之下，社會經濟文化生活無不受到權力的制約，政治地位是一切社會地位的根據，權力無處不在，無孔不入。人們為了保持自己的家產與地位，無不謀求政治上的發展但從經營舉業的萬千士子的數量看，大多數讀書人經歷的是頭白齒搖、終老科場的失意?？婆e不僅耗費了士人的畢生精力，同時也限制了知識階層的眼界。經學、文學及史學是科舉考試的主要內容，在科舉考試的導向之下，廣大士人用心的范圍不出以上學科，并且這些學科依附于傳統的政治文化，人們熱衷于經籍的注解，經義的闡發，思維活動的空間單一而狹小。而跟社會民生緊密相關的藝術與科技門類的知識文化由于遠離科舉而遭冷遇，藝術思維與科學思維的薄弱造成民族文化長期停留在經驗與實用的層面之上，民族文化缺乏健康發展的動力與活力。
第二，科舉制是對極端專制王權的維護。高度的集權政治需要一支龐大的官僚隊伍，而經過科舉考試選拔而來的大小官僚是當時整個社會文化程度更高的階層。他們在管理國家，服務王權政治上有著較強的應變能力，他們的精明與能干直接關系到帝國政治的工作效率。這些來自科舉的官僚，他們以“天子門生” 自居，直接效忠于皇帝。由于其地位與權力來自皇上的恩賜，因此他們也更加依附于皇權，在極端專制的明清時代表現得尤為明顯?？婆e制不僅在官員素質上為集權政治提供保障，同時它也是重要的思想控制工具。歷代帝王都注重對知識階層的思想控制，科舉制利用統一的標準考試強制推行儒家思想，進而限制人們的行為。在科舉制度日益僵化的明清時期，統治者將程朱理學作為考試的中心內容與指導思想，廣大士子也只能揣摩古人的語氣，“代圣賢立言”，絕不允許有自己的思想發揮，任何違背孔孟程朱的言論都要受到懲罰。就連行文的格式也有嚴格的規定，將八股文作為標準考試文體，人們只要背熟八股時文，就有可能高中皇榜。在這種情形下，知識分子也就成為沒有思想的馴服工具，這種狀態正是極端專制政治所需要的。