國際重疊征稅與國際重復征稅的相同之處在于同一來源的所得在不同的稅收管轄下被多次征稅,但它們之間也有著本質的不同。其最主要的區別在于：
（1）產生的原因不同。國際重復征稅是基于國家間的管轄權沖突，這種沖突往往直接體現在同一納稅期限內；而國際重疊征稅則是由于不同國家稅制結構導致的，其主要體現在不同國家稅收管轄權的先后疊加。也就是說，管轄權沖突實際上即是各國稅收法律制度的沖突，而管轄權疊加是基于不同國家經濟稅制結構的差異造成的。這也是為什么國際重復征稅被稱為狹義的國際重復征稅或法律上的國際重復征稅，而國際重疊征稅則被稱作廣義的國際重復征稅或經濟上的國際重復征稅的主要原因。
（2）納稅主體不同。國際重復征稅是不同國家對同一納稅人的同一所得兩次或多次征稅；而國際重疊征稅則是不同國家對不同納稅人的同一所得兩次或多次征稅。這是國際重復征稅與國際重疊征稅之間最基本、最重要的區別。
（3）其他方面的諸多不同。重復征稅沒有國內重復征稅，其有時只涉及個人納稅人，而與公司無關;但重疊征稅有國內、國際之分,重疊征稅涉及的納稅人中，至少有一個為公司。另外，國際重復征稅只涉及同一稅種，而國際重疊征稅則有可能涉及不同稅種。（P358）